Dr. Eggman (auch bekannt als Dr. Robotnik) verwandelt erneut die Tiere von Mobius mithilfe seiner monströsen Vorrichtung, der Veg-O-Festung, in Roboter.
Nur Sonic kann das Flipper-Abwehrsystem durchdringen, um die Tiere zu befreien, die Chaos Emeralds zurückzuholen und Dr. Eggmans teufl...