Po wydarzeniach rewolucyjnego oryginalnego Crysis, obcy powrócili do świata, który został dotknięty katastrofami klimatycznymi. Kiedy najeźdźcy spustoszą Nowy Jork i rozpoczną atak, który zagraża całkowitej zagładzie ludzkości, tylko ty masz technologię, aby poprowadzić kontratakę.