Po pokonaniu Shub-Niggurath, wracasz do swojej bazy na Ziemi, ale nie jest to bajkowy świat barwnych nieba i motyli. Okazuje się, że nie wszystkie siły QUAKE zostały stłumione. Chaos wybucha, gdy przedzierasz się przez sługi QUAKE w kierunku zarażonej bramy. Twoim jedynym wyborem jest odnale...