Waking Mars to dwuwymiarowa platformówka z licznymi elementami logicznymi i akcją pokazywaną z boku. Akcja gry rozgrywa się w roku 2097, kiedy to ludzkość odkryła nieznane formy życia zamieszkujące rozległy system jaskiń na Marsie. W celu dalszych badań specjalna ekspedycja wyrusza...