Доктор Єгман (також відомий як Доктор Роботнік) знову перетворює тварин Мобіуса в роботів за допомогою свого величезного пристрою - Вег-О-Фортеці.
Тільки Сонік може проникнути через Систему захисту від кульок, щоб звільнити тварин, зібрати Хаос-Смарагди і зупинити мерзенні плани Доктора...